<조선일보>는 지난 2월 11일 지면에 '윤종섭 '사법농단 단죄해야' 발언 후 그 재판부로 갔다'라는 제목의 기사를 내고, 윤 재판장이 2017년 김명수 대법원장 앞에서 사법농단 연루 판사들을 처벌해야 한다는 취지로 말했으며 김 대법원장이 그를 해당 재판부에 배치시켰다는 의혹을 제기했다.