하나고 교사들은 자율학습지도에 대한 초과근무수당을 받으면서 기숙사학생지도수당이라는 명목으로 학생기숙사비에서 매달 수십만원의 수당을 따로 받고 있었다. 교육청 감사 자료에 의하면, 하나고 교사들이 이사회 의결도 없었고, 수당지급 근거 규정도 없고, 특별히 지도하는 것도 없으면서 매달 이렇게 부당하게 받아간 돈이 6억6천만원에 이른다. 그만큼 학생들은 부당하게 더 많은 부담을 한 것이다.